Сложность схемы водоподачи и водораспределения в Ферганской долине восходит в своем развитии к древнему использованию воды на всем протяжении истории человечества, на которую наложилось в XX веке стремление сначала царского, а затем и советского правительства увязать и закольцевать систему орошения без привязки к административному делению. Целью этого было  увеличение площадей орошаемых земель и повышение их водообеспеченности.

С другой стороны, административный метод управления водой, который на протяжении 70 лет доминировал в регионе с крупными вложениями не только в строительство и реконструкцию, но и в поддержание всей системы, в настоящее время не может обеспечить нормальный уровень эксплуатации и поддержания систем. Это обусловлено дефицитом средств, децентрализацией управления и проявления местнических тенденций.

Основные резервы освоения новых плодородных земель в долине исчерпаны. Из-за демографического давления нарастает социальная напряженность вследствие снижения площади возделываемых земель, приходящихся на 1 человека. В этих условиях решение проблемы обеспечения продуктами питания, в частности, и сельскохозяйственного и социального развития, в общем, может быть решено только за счет резкого повышения продуктивности воды и земли.

Данную задачу возможно решить реализацией комплексного (интегрированного) метода в управление водными ресурсами, который нацелен на увязку всех ступеней иерархии водохозяйственной системы, межотраслевую координацию, борьбу с непродуктивными потерями воды, достижение потенциальной продуктивности воды и земли и широкое вовлечение водопользователей в процесс управления. Представляется, что это наиболее приемлемое и реализуемое направление перестройки сельского и водного хозяйства Ферганской долины на перспективу.